Acurácia da predição genômica para altura do quadril em bovinos Brahman com uso de diferentes matrizes de parentesco

Michel Marques Farah, Marina Rufino Salinas Fortes, Matthew Kelly, Laercio Ribeiro Porto-Neto, Camila Tangari Meira, Luis Orlando Duitama Carreño, Ricardo da Fonseca, Stephen Stewart Moore

Resumo


O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da informação genômica na avaliação genética para altura do quadril em bovinos da raça Brahman, por meio de diferentes matrizes construídas com dados genômicos e de pedigree. Utilizaram-se medidas de altura do quadril de 1.695 animais, genotipados com SNP chip de alta densidade ou imputados do 50 K SNP chip de alta densidade. A matriz de pedigree “numerator relationship matrix” (NRM) foi comparada à matriz H, a qual incorporou as matrizes NRM e de parentesco genômico (G) simultaneamente. Os genótipos foram utilizados para estimar três versões de G: frequência observada dos alelos (HGOF), média da menor frequência alélica (HGMF) e frequência de 0,5 para todos os marcadores (HG50). Para a comparação das matrizes, foram utilizadas informações completas ou divididas em conjuntos de dados de calibração (80% dos animais mais velhos) e de validação (20% dos mais jovens). Os valores de acurácia para NRM, HGOF e HG50 foram 0,776, 0,813 e 0,594, respectivamente. NRM e HGOF foram semelhantes, com menores variâncias para os elementos da diagonal e fora da diagonal, bem como para os valores genéticos estimados. O uso de informações genômicas resultou em estimativas de parentesco semelhantes às obtidas com base em pedigree; entretanto, H­GOF é a melhor opção para estimar a matriz de parentesco genômico e resulta em maiores acurácias de predição. O ranking dos animais top 20% foi muito semelhante para as matrizes, mas a classificação dentro destas varia dependendo do método.

Palavras-chave


Bos indicus; gado de corte; genômica; alelos raros

Texto completo:

PDF (English)


Embrapa Sede
Parque Estação Biológica - PqEB - Av. W3 Norte (final) Caixa Postal 040315 - Brasília, DF - Brasil - 70770-901
Fone: +55 (61) 3448-1813